- GeneDoc: Aliniert Sequenzen paarweise. Gute Bearbeitungsmöglichkeiten.
- Clustal X: Erstellt multiple Sequenzalignments. Standard
- DNASP: Analysiert Nukleotidpolimorphismen alinierter Sequenzen. Bietet zudem sehr stabile Dateikonvertierung.
- Modeltest: Findet mittels PAUP zum Datensatz passendes Evolutionsmodell zur Maximum-Likelyhood-Analyse. Standard.
- MrModeltest: Findet mittels PAUP zum Datensatz passendes Evolutionsmodell zur bayesischen Analyse mit Mr.Bayes. Standard.
- FigTree: Zeigt phylogenetische Bäume und bringt sie in publikationsfähige Form.
- MEGA: Die eierlegende Wollmilchsau unter den Programmen zur Sequenzanalyse.
- MrBayes: Erstellt phylogenetische Bäume mittels bayesischem Ansatz. Standard.
- BEAST: Erstellt plattformübergreifend bayesische Analysen.
- PAUP: Erstellt phylogenetische Bäume mittels Distanz-, Parsimoni- oder Maximum-Likelyhood-Verfahren. kostenpflichtiger Standard.
- PaupUp: Sehr nützliches graphisches Frontend für die DOS-Version von PAUP.
- TreeView: Zeigt phylogenetische Bäume und bringt sie in publikationsfähige Form. Standard.
- Andere: Umfassende Sammlung phylogenetischer Programme von Joe Felsenstein.
- Collapse: Bricht Sequenzalignments auf Haplotypen herunter.
- TCS: Erstellt phylogenetische Netzwerke aus DNA-Sequenzen oder Nukleotid-Distanzen nach dem Parsimoni-Prinzip.
- Network: Erstellt phylogenetische Netzwerke aus genetischen, linguistischen oder anderen Daten nach dem Parsimoni-Prinzip.
- GEODIS: Nested-Clade-Analyse nach Templeton et al.
- GeoPhyloBuilder: ArcGis-Aufsatz zum Erstellen eines phylogeographischen GIS-Modells.
